Hij volgde zijn opleiding aan de City of London School en het St John's College in Cambridge, waar hij cum laude slaagde in klassieke talen, wiskunde en theologie, en staflid werd aan dit college. In 1862 werd hij als predikant bevestigd. Na een leraarschap aan de King Edwards School, in Birmingham, volgde hij in 1865 G. F. Mortimer op als rector van de City of London School op de leeftijd van zesentwintig jaar. Daar had hij de latere premier H. H. Asquith onder zijn hoede.
In 1889 ging hij, relatief jong want hij was pas 50, met pensioen en wijdde zich daarna aan litteraire en theologische bezigheden. Dr. Abbotts vrijzinnige theologische voorkeuren waren zowel duidelijk aanwezig in zijn opvoedkundige denkbeelden als in zijn boeken. Zijn Shakespeariaanse Grammatica (1870) is een blijvende bijdrage aan de engelse taalkunde. In 1885 publiceerde hij een biografie van Francis Bacon. Onder zijn talrijke theologische geschriften bevinden zich drie anoniem gepubliceerde religieuze romans - Philochristus (1878), een gefingeerde autobiografie van Jezus, Onesimus, de memoires van een discipel van Paulus (1882), en Silanus, de Christen (1906).
Belangrijkere bijdragen zijn de anonieme theologische verhandeling De pit en de Bolster (The Kernel and the Hus) uit (1886), Philomythus (1891), zijn boek De Anglicaanse loopbaan van Kardinaal Newman (The Anglican Career of Cardinal Newman) uit (1892), en zijn artikel “De Evangeliën” in de negende editie van de Encyclopedia Britannica, die een kritische visie bevat, die in de Engelse theologische wereld grote beroering wekte. Hij schreef ook St Thomas van Canterbury, zijn Dood en Wonderen (1898), Het woordenschat bij Johannes (Johannine Vocabulary) in (1905), en Het taalgebruik bij Johannes (Johannine Grammar) in (1906). Flatland werd gepubliceerd in 1884.