Het aankoopbudget dat de gemeente Almere voor de eigen collectievorming beschikbaar stelt, daagt uit tot het maken van zorgvuldige en scherpe keuzes. Museum De Paviljoens kocht in de periode 2001-2007 ondermeer de performance/installatie Table (1997) van Yael Davids aan en in 2005 Stadsboerderij Sugoroku (2005) van Chikako Watanabe. Museum De Paviljoens was daarmee het eerste museum werk verwierf van deze kunstenaars.
Daarnaast zijn in deze periode bijzondere aankopen in het oeuvre van hedendaagse kunstenaars als Yael Bartana, Bik Van der Pol, Christiaan Bastiaans, Jan De Cock, Jonas Dahlberg, Job Koelewijn, Ruben le Noble, Gabriel Lester, Barbara Visser en Witho Worms gedaan. Door op effectieve wijze gebruik te maken van andere budgetten dan het aankoopbudget werd het ook mogelijk een topstuk als Kompaktes Kommunehaus (2001) van Carsten Höller te verwerven.